Combien de jours de carence en arrêt maladie enseignant ?

Réponse courte : Un enseignant titulaire ou stagiaire de l’Éducation nationale en arrêt maladie ordinaire a en principe 1 jour de carence : le premier jour de l’arrêt n’est pas rémunéré. Ensuite, le traitement est maintenu à 100 % pendant 90 jours, puis à 50 % dans les limites réglementaires du congé de maladie ordinaire.

Le contexte en bref

Le jour de carence en arrêt maladie enseignant concerne principalement les personnels fonctionnaires de l’Éducation nationale : professeurs des écoles, certifiés, agrégés, PLP, CPE, PsyEN, personnels stagiaires et, plus largement, agents publics relevant du congé de maladie ordinaire. Il s’applique lorsqu’un médecin prescrit un arrêt de travail pour une maladie ne relevant pas d’un congé long spécifique. L’enjeu est double : connaître la retenue opérée sur la paie et anticiper les conséquences sur la rémunération en cas d’arrêt prolongé ou d’arrêts répétés. Pour un arrêt maladie ordinaire, le premier jour est non payé, sauf exceptions prévues par les textes. Les jours suivants sont indemnisés selon les droits statutaires : traitement plein pendant une période maximale de 3 mois, puis demi-traitement pendant la période suivante, dans la limite d’une année de droits appréciée sur une période de référence. Les enseignants contractuels relèvent de règles différentes, combinant souvent maintien de salaire par l’employeur public et indemnités journalières de la Sécurité sociale, selon l’ancienneté et le contrat.

Les démarches concrètes

1. Faire établir l’arrêt de travail par un médecin, avec indication précise des dates de début et de fin de l’arrêt maladie.
2. Transmettre les volets nécessaires dans les délais réglementaires : pour un fonctionnaire, l’arrêt doit être envoyé à l’administration, généralement à l’IEN, au chef d’établissement ou au service gestionnaire selon le corps et l’affectation.
3. Respecter le délai de transmission de 48 heures, sauf impossibilité justifiée. Un envoi tardif peut entraîner des conséquences administratives ou financières.
4. Informer l’école, l’établissement ou le service de rattachement de l’absence afin de permettre l’organisation du remplacement ou de la continuité du service.
5. Vérifier sur le bulletin de paie suivant la retenue correspondant au jour de carence. Elle peut apparaître avec un décalage d’un ou plusieurs mois selon le calendrier de paie académique.
6. En cas de prolongation, faire établir un nouvel arrêt avant la reprise théorique et le transmettre dans les mêmes conditions.
7. En cas d’arrêt long, d’arrêts répétés ou de passage à demi-traitement, demander au service gestionnaire un état des droits à congé de maladie ordinaire.
8. Pour un enseignant contractuel, vérifier les règles applicables dans le contrat, la note académique et les droits ouverts auprès de la CPAM.

Les montants/délais/conditions exacts

• Nombre de jours de carence : 1 jour pour un congé de maladie ordinaire d’un agent public, dont les enseignants fonctionnaires de l’Éducation nationale.
• Effet financier : le premier jour de l’arrêt maladie n’est pas rémunéré. La retenue correspond à 1/30e de la rémunération mensuelle concernée, selon les éléments soumis à retenue.
• Exemple indicatif : pour un traitement brut mensuel de 2 400 €, la retenue brute liée au jour de carence est d’environ 80 € brut. Le montant net exact dépend des cotisations, primes et modalités de paie.
• Maintien du traitement : après le jour de carence, l’enseignant fonctionnaire en congé de maladie ordinaire conserve en principe son traitement à 100 % pendant 90 jours, puis passe à 50 % pendant les 9 mois suivants, dans la limite des droits ouverts.
• Période de référence : les droits à congé de maladie ordinaire sont appréciés sur une période de 12 mois glissants. Des arrêts antérieurs peuvent donc réduire la durée restante à plein traitement.
• Durée maximale du congé de maladie ordinaire : 1 an, sous réserve des avis médicaux et administratifs nécessaires lorsque l’arrêt se prolonge.
• Délai d’envoi de l’arrêt : 48 heures à compter de l’établissement de l’arrêt de travail, sauf cas particulier justifié.
• Arrêt d’une seule journée : le jour de carence peut absorber toute la journée d’arrêt ; aucune rémunération n’est alors due pour cette journée, sauf exception applicable.
• Prolongation : un seul jour de carence s’applique si l’arrêt initial est prolongé sans reprise effective entre les deux arrêts.
• Nouvel arrêt après reprise : un nouveau jour de carence peut s’appliquer si un nouvel arrêt est prescrit après une reprise de fonctions, sauf situation d’exception prévue par les textes.
• Contractuels enseignants : les règles peuvent différer : délai de carence de la Sécurité sociale, indemnités journalières, maintien employeur selon ancienneté. Les montants exacts sont à vérifier dans le contrat et la note de service académique.

Points de vigilance

• Ne pas confondre le jour de carence et le passage à demi-traitement : le premier concerne le début de l’arrêt, le second dépend de la durée cumulée des congés maladie.
• Le jour de carence ne signifie pas que tout l’arrêt est non payé : seul le premier jour est retenu, sauf situation particulière.
• La retenue peut apparaître tardivement sur la paie, parfois un ou deux mois après l’arrêt, en fonction du traitement administratif par le rectorat ou la DSDEN.
• Les primes et indemnités peuvent être affectées différemment selon leur nature : ISOE, ISAE, indemnités de mission particulière ou indemnités liées à l’exercice effectif des fonctions doivent être vérifiées auprès du service gestionnaire.
• Certains congés ne relèvent pas du même régime que le congé de maladie ordinaire : congé de longue maladie, congé de longue durée, accident de service, maladie professionnelle, congé maternité ou congé pathologique disposent de règles propres.
• Un accident survenu dans le cadre du service doit être déclaré comme tel rapidement. Le régime applicable peut éviter la retenue du jour de carence si l’imputabilité au service est reconnue.
• Les arrêts liés à une affection de longue durée peuvent relever de règles particulières pour l’application du jour de carence, selon les textes en vigueur et la situation médicale.
• Un envoi tardif ou incomplet de l’arrêt peut entraîner une demande de régularisation, un contrôle ou des difficultés de paie.
• La reprise à temps partiel thérapeutique ne se traite pas comme un simple arrêt maladie : elle nécessite une décision administrative et un suivi médical.
• Pour les enseignants contractuels, il ne faut pas appliquer automatiquement les règles des titulaires : ancienneté, régime général, subrogation éventuelle et maintien de rémunération doivent être contrôlés au cas par cas.

Sources officielles

• Décret n°86-442 du 14 mars 1986 relatif à la désignation des médecins agréés, à l’organisation des conseils médicaux, aux conditions d’aptitude physique et au régime des congés de maladie des fonctionnaires.
• Loi n°2017-1837 du 30 décembre 2017 de finances pour 2018, article 115, rétablissant le jour de carence dans la fonction publique.
• Code général de la fonction publique, notamment les dispositions relatives au congé de maladie des fonctionnaires et au non-versement de la rémunération au titre du premier jour de congé de maladie.
• Circulaire du 15 février 2018 relative au non-versement de la rémunération au titre du premier jour de congé de maladie des agents publics civils et militaires.
• BO ou note de service de référence : note académique annuelle de gestion des congés de maladie, des autorisations d’absence et des procédures de transmission des arrêts, à vérifier dans chaque académie.
• service-public.fr : fiches pratiques « Congé de maladie ordinaire dans la fonction publique » et « Jour de carence pour maladie dans la fonction publique ».
• education.gouv.fr : informations ministérielles relatives aux personnels enseignants, à la carrière, aux congés et à la protection sociale des agents de l’Éducation nationale.

Réponse vérifiée le 14 mai 2026 par l'équipe Forum Enseignants Pass Éducation. Les règles peuvent varier selon l'académie : vérifiez auprès de votre rectorat avant action.